Meine Mails lasse ich seit einiger Zeit schon auf dem Server sortieren, wie sich das von einem ordentlichen Postamt eben gehört werden also die Mails transparent in ihre Schubladen gesteckt. Dem Webmailer Squirrelmail kann man über Options -> Folder Preferences -> Enable Unread Message Notification beibringen in der Seitenleiste die ungelesenen E-Mails für alle Ordner anzuzeigen.
Auch der Mail-Client Thunderbird tut dies nicht als von Hause aus, hier muss man über Edit -> Preferences -> Advanced -> Config Editor das Property mail.check_all_imap_folders_for_new auf true umschalten. Fortan wird Thunderbird auch Unterordner aktualisieren.